Υπόθεση
Πριν Ξεκινήσει το Σχολείο
Καθώς ο Βόλντερμορτ και οι Θανατοφάγοι του δημιουργούν απροκάλυπτα χάος και πανικό σε όλη την Βρετανία, ο Υπουργός Μαγείας Κορνήλιος Φατζ αναγκάζεται να παραιτηθεί εξ' αίτιας της δημόσιας κραυγής αγανάκτησης ως προς τον λάθος τρόπο που αντιμετώπισε την κατάσταση. Τον διαδέχεται ο Ρουφους Σκριμτζεορ. Εντωμεταξύ, ο Σέβερους Σνειπ δέχεται στο σπίτι του επίσκεψη από την μητέρα του Ντράκο Μαλφόι, Ναρκίσσα Μαλφόι και την αδελφή της, Μπελατρίξ Λεστρέιντζ, η οποία του δείχνει ξεκάθαρα ότι δεν τον εμπιστεύται. Εκεί, ο Σνέιπ ορκίζεται μέσω του Απαραβίαστου Όρκου να προστατέψει τον Ντράκο, καθώς αυτός θα προσπαθεί να εκπληρώσει την αποστολή που του ανέθεσε ο Βόλντερμορτ, και να την αποτελειώσει, αν ο Ντράκο αποτύχει.
Κατά την διάρκεια του καλοκαιριού, ο Άλμπους Νταμπλντορ στρατολογεί τον Χάρι για να τον βοηθήσει να πείσει τον συνταξιοδοτημένο πλέον καθηγητή Οράτιο Σλάγκχορν να επιστρέψει στην παλιά του θέση στο Χόγκουαρτς. Ο Χάρι περνά τις υπόλοιπες διακοπές του στο Μπάροου μαζί με την οικογένεια Ουέσλι και την Ερμιόνη. Ο Μπιλ Ουέσλι έχει αρραβωνιαστεί την Φλερ Ντελακούρ, προς μεγαλη απογοήτευση των γυναικών της οικογένειας, ενώ ο Χάρι αρχίζει να αναπτύσσει ρομαντικά συναισθήματα για τη Τζίνι Ουεσλι. Εντωμεταξύ φτάνουν και τα αποτελέσματα των ΚΔΜ των τριών φίλων. Για να ακολουθήσουν το όνειρό τους και να γίνουν χρυσούχοι, ο Χάρι Πότερ και ο Ρον Ουέσλι πρέπει να παρακολουθήσουν ως προαπαιτούμενο το μάθημα των φίλτρων, αλλά οι βαθμοί τους στα ΚΔΜ των φίλτρων είναι πολύ χαμηλοί για την ΕΔΕΜ τάξη των φίλτρων του Σνέιπ, αναγκάζοντάς τους να ξεχάσουν αυτή την επιλογή για καριέρα. Ενώ οι τρείς επισκέπτονται την Διαγώνιο Αλέα μαζί με τους Ουέσλι για να αγοράσουν προμήθειες για το σχολείο, εντοπίζουν τον Ντράκο Μαλφόι και τον ακολουθούν στην Αδιέξοδο Αλέα, οπού και επισκέπτεται το Mπόρκινς & Μπερκς, ένα μαγαζί σκοτεινών τεχνών. Εκεί, ο Μαλφόι απαιτεί να μάθει από τον κύριο Μποργκιντο τρόπο για να διορθώσει ένα αντικείμενο, ενώ συγχρόνως τον απειλεί να κρατήσει κάτι άλλο ασφαλές. Υποψιαζόμενος ότι ο Ντράκο έχει γίνει Θανατοφάγος, ο Χάρι αποφασίζει να τον παρακολουθεί στενά.
Στο Χόγκουαρτς
Με το ξεκίνημα του σχολικού έτους, ο Σνέιπ ανακηρύσσεται απροσδόκητα ως ο νέος καθηγητής της Άμυνας ενάντια των Σκοτεινών Τεχνών, ενώ ο καθηγητής Σλάγκχορν τον αντικαθιστά ως ο νέος καθηγητής των Φίλτρων. Καθώς ο Σλάγκχορν απαιτεί για την παρακολούθηση της ΕΔΕΜ-επιπέδου τάξης των Φίλτρων τον ελάχιστο βαθμό του Πολύ Καλά, ο Χάρι και ο Ρον μπορούν πλέον να παρακολουθήσουν, όμως, επειδή δεν είχαν αγοράσει τα απαραίτητα βιβλία και συστατικά από πριν, ο Σλάγκχορν τους δανείζει κάποια παλιά σχολικά βιβλία, μέχρι να αγοράσουν τα δικά τους. Το βιβλίο που δίνει στον Χάρι ειναι υπογεγραμμένο ως απόκτημα του "Ημίαιμου Πρίγκηπα", και το βιβλίο του Ημίαιμου Πρίγκηπα περιέχει πολλές διορθώσεις και σημειώσεις του προηγούμενου ταλαντούχου κατόχου σε όλες τις συνταγές των φίλτρων. Ακολουθώντας τις, ο Χάρι αριστεύει στην τάξη, και ο Σλάγκχορν του δίνει ως βραβείο μία μικρή φιάλη με ένα φίλτρο που φέρνει τύχη. Ο Σλάγκχορν αποφασίζει να διοργανώσει ένα χριστουγεννιάτικο χορό για μια ομάδα εκλεκτών, και η Ερμιόνη ζητά από τον Ρον να την συνοδέψει. Μετά την αποκάλυψη όμως ότι η Ερμιόνη είχε φιλήσει τον Βίκτορ Κραμ πριν δυο χρόνια, η ζήλεια του Ρον τον οδηγεί να τα φτιάξει με την Λαβάντερ Μπράουν, οδηγώντας σε μία μεγάλη ρηξη στην σχέση τους. Εντωμεταξύ, ο Χάρι, βρισκόμενος μεταξύ δύο πυρών, συνειδητοποιεί τα πραγματικά του συναισθήματα για την Τζίνι, χωρίς όμως να έχει αντίκρυσμα, αφού εκείνη πλέον είναι μαζί με τον Ντιν Τόμας.
Οι επιθέσεις των Θανατοφάγων συνεχίζονται καθ' όλη την διάρκεια του σχολικού έτους και οι τρείς υποψιάζονται ότι συνδέονται με τα γεγονότα που συμβαίνουν στο Χόγκουαρτς. Το πρώτο σαββατοκύριακο που επισκέπτονται το Χόγκσμιντ, μια μαθήτρια του Γκρίφιντορ, η Κέιτι Μπελ, τραυματίζεται σοβαρά όταν αγγίζει ενα καταραμένο κολιέ υπό την επήρεια της εξουσιαστικής κατάρας. Σε κάποιο άλλο ατύχημα, ο Ρον δηλητηριάζεται, όταν πίνει κατά λάθος ένα δηλητηριασμένο κρασί που προοριζόνταν για τον Ντάμπλντορ - σώζεται, ευτυχώς, την τελευταία στιγμή απο την γρήγορη αντίδραση του Χάρι. Η Ερμιόνη, συντετριμμένη από αυτό το γεγονός, τα ξαναβρίσκει με τον Ρον, ενώ αυτός σύντομα τελείωνει την σχέση του με την Λαβάντερ Μπράουν. Η Τζίνι Ουεσλι χωρίζει επίσης με τον Ντιν Τόμας, αναπτερώνοντας τις ελπίδες του Χάρι.
Πεμπτουσιωτές
Ο Ντάμπλντορ δίνει ιδιαίτερα μαθήματα στον Χάρι, σχετικά με το παρελθόν του Βόλντεμορτ, χρησιμοποιώντας την Κιβωτό των Στοχασμών. Ο Ντάμπλντορ υποθέτει πως ο Βόλντεμορτ έχει διασπάσει την ψυχή του σε έξι μέρη, τα οποία ονομάζονται Πεμπτουσιωτές, με σκοπό να κατακτήσει την αθανασία, ενώ διατηρεί το έβδομο μέρος της ψυχής του μέσα στο σώμα του. Δύο από τους Πεμπτουσιωτές έχουν ήδη καταστραφεί (το ημερολόγιο του Άντον Χερτ από τον Χάρι στο δεύτερο βιβλίο, και το δαχτυλίδι των Γκαντ από τον Ντάμπλντορ).
Όταν ο Χάρι βρίσκει τυχαία τον Μαλφόι να κλαίει μέσα στο μπάνιο της Μυρτιάς που Κλαίει, οι δυο τους μονομαχούν, και ο Χάρι ρίχνει ένα ξόρκι του Ημίαιμου Πρίγκηπα στον Μαλφόι το οποίο του προκαλεί μεγάλες μαχαιριές στο σώμα. Ο Σνειπ καταφθάνει και αφού σώζει τον Μαλφόι, ζητά από τον Χάρι να του παραδώσει το βιβλίο των ΕΔΕΜ φίλτρων του, αλλά ο Χάρι ξεφεύγει, δίνοντάς του το βιβλίο του Ρον. Ο Χάρι αναγκάζεται να τιμωρηθεί, και έτσι χάνει τον τελευταίο αγώνα του τελικού Κουίντιτς. Παρά την απουσία του, όμως, η ομάδα του Γκρίφιντορ κερδίζει το κύπελλο, και κατα την διάρκεια των εορτασμών, τα καταπιεσμένα ρομαντικά συναισθήματα του Χάρι αποκαλύπτονται, όταν ενθουσιασμένος, μπροστά σε όλους, φιλά την Τζίνι, ξεκινώντας την σχέση τους.
Ο Χάρι αναφέρει την ύποπτη συμπεριφορά του Μαλφόι σε έναν φαινομενικά αδιάφορο Ντάμπλντορ, ο οποίος όμως ζητά από τον Σνέιπ να αρχίσει τις έρευνες. Μετά από λίγο καιρό, ο Χάρι μαθαίνει από την καθηγήτρια Τρελόνι ότι ο Σνέιπ ήταν αυτός που αποκάλυψε το περιεχόμενο της Προφητείας στον Βόλντεμορτ, το οποίο τελικά οδήγησε στους θανάτους του Τζέιμς Πότερ και της Λίλι Πότερ. Εξαγριωμένος, ο Χάρι ζητά εξηγήσεις από τον Ντάμπλντορ, ο οποίος όμως διαβεβαιώνει για την καλή πίστη του Σνέιπ. Εντωμεταξύ, ο Ντάμπλντορ έχει ανακαλύψει το μέρος όπου πιθανώς να βρίσκεται ένας Πεμπτουσιωτής και ζητά από τον Χάρι να τον συνοδεύσει για να τον εξουδετερώσουν. Συνεχίζοντας να μην εμπιστεύεται τον Μαλφόι και τον Σνέιπ, ο Χάρι λέει στον Ρον Ουέσλι, την Ερμιόνη Γκρέιντζερ, την Λούνα Λάβγκουντ, τον Νέβιλ Λονγκμπότομ και την Τζίνι Ουέσλι να παρακολουθούν τις κινήσεις τους ενώ αυτός θα φύγει με τον Ντάμπλντορ, και τους δίνει το υπόλοιπο του βραβείου του από το φίλτρο της τύχης, Φελίξ Φελίσις. Ο Χάρι και ο Ντάμπλντορ τηλεμεταφέρονται σε μία απόμακρη σπηλιά, και βρίσκουν τον Πεμπτουσιωτή (το μενταγιόν του Σλίθεριν), αλλά ο Ντάμπλντορ δηλητηριάζεται αφού πίνει από το φίλτρο που κάλυπτε το μενταγιόν στην κρυψώνα του.
Η Μάχη του Χόγκουαρτς
Γυρνώντας στο Χόγκσμιντ, ο Χάρι Πότερ και ο Άλμπους Ντάμπλντορ βλέπουν το Σημάδι του Βόλντεμορτ να βρίσκεται πάνω από το Χόγκουαρτς. Αμέσως, πετούν προς τον Πύργο της Αστρονομίας και βρίσκονται αντιμέτωποι με τον Ντράκο Μαλφόι. Ο Ντάμπλντορ προλαβαίνει να ακινητοποιήσει τον Χάρι, ο οποίος είναι κρυμμένος κάτω από τον Αόρατο Μανδύα του, ακριβώς πριν ο Ντράκο αφοπλίσει με μάγια τον Ντάμπλντορ. Ο Ντράκο παραδέχεται ότι αυτός ευθύνοταν για όλες τις επιθέσεις που συνέβησαν στο σχολείο, και ότι έχει επιτυχώς καταφέρει να οδηγήσει τους Θανατοφάγους να εισβάλλουν στο Χόγκουαρτς, παρ' όλο που ο Ντάμπλντορ πιστεύει πως το φοβισμένο αγόρι δρα απειλούμενο από τον Βόλντεμορτ.
Καθώς τα μέλη του Τάγματος του Φοίνικα, οι καθηγητές και οι μαθητές πολεμούν τους οπαδούς του Βόλντεμορτ μέσα στο κάστρο, κάποιοι Θανατοφάγοι ξεφεύγουν και εμφανίζονται στον πύργο και παρακινούν τομ Ντρακο να ολοκληρώσει την αποστολή του - να σκοτώσει τον Ντάμπλντορ - αλλλα ο Ντράκο διστάζει. Εκείνη την στιγμή καταφθάνει ο Σνέιπ και ο εξαντλημένος Ντάμπλντορ τον παρακαλεί. Ο Σνέιπ σκοτώνει τον Ντάμπλντορ με την θανατηφόρα κατάρα, και το πτώμα του πετιέται πάνω από τον Πύργο της Αστρονομίας. Με τον θάνατο του Ντάμπλντορ, ο Χάρι απελευθερώνεται από το ξόρκι που τον ακινητοποίησε, και αμέσως αρχίζει να καταδιώκει τον Σνέιπ, ο οποίος αποκαλύπτει στον Χάρι ότι αυτός είναι ο Ημίαιμος Πρίγκηπας ενώ μονομαχούν και, παραδόξως, τον συμβουλεύει πώς να μονομαχεί σωστά. Ο Σνέιπ ξεφεύγει με τον Μαλφόι και ο Χάρι, ανακαλύπτοντας το πτώμα του Ντάμπλντορμ παίρνει από την τσέπη του το μενταγιόν του Σλίθεριν, συνειδητοποιώντας ότι είναι πλαστό. Μέσα στο μενταγιόν βρίσκει ένα σημείωμα από κάποιον με τα αρχικά Ρ.Α.Μπ, ο οποίος έχει κλέψει τον αληθινό Πεμπτουσιωτή.
Η σχολική χρονιά τελείωνει απότομα, με την κηδεία του Ντάμπλντορ. Η καθηγήτρια ΜακΓκόναγκαλ τοποθετείται στην διεύθυνση του Σχολείου και ο καθηγητής Σλάγκχορν αντικαθιστά τον Σνέιπ ως υπεύθυνος του κοιτώνα του Σλίθεριν, αν και υπονοείται ότι το Χόγκουαρτς ενδέχεται να μην ξανανοίξει. Ο Χάρι αποφασίζει να παρατήσει το σχολείο για να αναζητήσει τους υπόλοιπους Πεμπτουσιωτές. Ο Ρον και η Ερμιόνη υπόσχονται να τον ακολουθήσουν, ενώ ο Χάρι τελειώνει παρά την θέλησή του την σχέση του με την Τζίνι, για να την προστατεύσει από τον Βόλντεμορτ. Το βιβλίο τελειώνει σε αναμονή του γάμου του Μπιλ και της Φλερ, οπου ο Χάρι αισθάνεται πως: "...υπάρχει μια ακόμη χρυσή μέρα ηρεμίας στον ορίζοντα για να γλεντήσει με τον Ρον και την Ερμιόνη."