Den andre trollmannskrigen pågikk fra 1995 da Voldemort igjen prøvde å stige til makten og til hans død i 1998. I denne perioden herjet dødseterne i store deler av Storbritannia. På et tidspunkt ble Registreringskontoret for gompefødte et faktum, et kontor hvor de som var gomper måtte levere fra seg sine tryllestaver.
1994
I tretten år ventet Voldemort i Albania på at en av tjenerene hans skulle komme å gi ham sjansen til å komme til makten igjen. Da Petter Pittelpytt i 1994 klarte å rømme fra Sirius Svaart hadde han et mål: nemlig å vende tilbake til sin gamle herre. I lang tid holdt de til i det gamle Venster huset. En kveld kom Vensternes gamle vaktmester Frank Brask for å sjekke hva som foregikk i huset, men Nagini oppdaget ham noe som endte med at han ble drept av Pittelpytt på ordre fra Voldemort.
1995
Harry Potter og den døde Fredrik Djervell
Da Harry Potter og Fredrik Djervell hadde tatt på pokalen som egentlig var en Flyttenøkkel ble de transportert til Lillehenge gravplass. Djervell ble drept av Petter Pittelpytt på Voldemorts ordre. Pittelpytt hjalp Voldemort med å gjennoppstå. Dødseterne imiverte til gravplassen, og Harry og Voldemort begynte å duellere. Tryllestavene dannet en forbindelse mellom stavene til Harry og Voldemort, dette førte etterhvert til at Harrys tryllestav trakk frem de siste besvergelsene som var blitt utført med Voldemorts tryllestav. Alle de som Voldemort tidligere drepte kom ut av tryllestaven i omvendt rekkefølge av når de ble drept: Fredrik Djervell, Frank Brask, Bertha Flurp, Lilly Potter og Jakob Potter. Harry returnerte til Galtvort med en død Fredrik. Det ble store mistanker om hva som hadde skjedd inne i labyrinten, og nesten ingen ville tro på Harrys historie om at Voldemort virkelig var kommet tilbake igjen.
"Dette er ikke Alastor Bister. Alastor Bister har du aldri møtt. Den virkelige Bister ville aldri ført deg alene bort fra meg etter det som hendte i kveld." (Albus Humlesnurr om avsløringen av Bart Kroek jr.)
Kort tid etter at Harry kom tilbake til parken med en død Fredrik ble han dratt med til Alastor Bisters kontor. Vel, det trodde han ihvertfall. Harry ble mektig forbløffet da professoren begynte å spørre ham ut om Voldemorts tilbakekomst, og enda verre ble det da han utbrøt at han var Voldemorts mest trofaste tjener. Etter en liten stund ankom Albus Humlesnurr, Severus Slur og Minerva McSnurp kontoret, da han var i ferd med å drepe Harry. Førstnevnte lamslo forræderen slik at han ikke skulle stikke av. Etter en liten stund forandret mannens utseende seg, og Bart Kroek jr.s utseende kom frem. Humlesnurr fikk ham til å fortelle sannheten, og etterpå ba han McSnurp om å passe på Kroek til Magiministeren ankom. Imidlertid tok magiministeren med seg en desperant som en ekstra sikring, noe som førte til at Kroek jr. ble utsatt for "Desperantens kyss".
Like etter dette sendte Humlesnurr Sirius Svaart til å informere den "gamle gjengen": Remus Lupus, Arabella Figg og Mundungus Styrfeder om Voldemorts gjenkomst og at Føniksordenen ville gjenoppstå. Magiministeren Kornelius Bloeuf nektet å tro på at Voldemort hadde kommet tilbake og startet en sverte kampanje mot Harry Potter og Albus Humlensurr. De ble hengt ut i Aftenprofeten og Harry Potter ble omtalt som en forstyrret oppmerksomhets jeger og en løgner. Lenge trodde mange at Harry Potter faktisk var en løgner og at Humlesnurr var gal som trodde på ham. Harry oppdaget stadig at han kunne se inn i Voldemorts tanker å merke Voldemorts humør. (Det var fordi en flik av Voldemort ble overført til ham den natten han forsøkte å drepe ham da han var spedbarn). Senere dukket Voldemort selv opp i Magidepartementet under kampen i Mysterieavdelingen og avslørte seg. Bloeuf fikk se at han faktisk var tilbake og måtte gå av som magimininster.
1996 - 1997
Istedenfor Kornelius Bloeuf ble Rufus Grimst satt inn som magiminister. Etterhvert gikk trollmannskrigen mer og mer i Voldemorts favør. Han hadde klart å rydde unna alle hindringene som stod rundt Harry; hans foreldre, hans gudefar og så til slutt rektor. Da trodde han at Harry var åpen for hogg.
1997 - 1998
I 1997 hadde Voldemort og hans dødsetere klart å okkupere Magidepartementet,Rufus Grimst døde og Voldemort satte Trivius Fjoth Fjolne under Befalius forbannelsen som da ble magiminister. Registreringskontoret for gompefødte ble et faktum. Harry, Ronny og Hermine klarte likevel å bryte seg inn i Magidepartementet og fullføre planen sin, med dødseterne i hælene måtte de eskivere. De satte ut på en lang ferd for å finne og ødelegge de gjenværende malacruxene til Voldemort. Voldemort selv fant ut at han måtte ha en ny stav og prøvde å få tak i Oldstaven. Han gav dødseterne beskjed om at dersom de klarte å få kloa i Harry Potter skulle de tilkalle ham med en gang. Innimellom hendte det at Harry fremdeles fikk noen syn om hva Voldemort gjorde eller hva han tenkte, noe som viste seg faktisk til å være ganske nyttig for ekspedisjonen de var ute på. Etter at Bellatrix forsnakket seg fikk de greie på at en av malacruxene befant seg i Bellatrixs Flirgott hvelv. De la en plan om hvordan de kunne bryte seg inn i Flirgott for å få tak i den og selvom planen egentlig mislykkes klarte de allikevel å få tak i den og komme seg unna. Et nytt syn av Voldemorts tanker førte dem til Galtvang hvor det krydde av dødsetere. Abriam Humlesnurr hjalp dem og de kom seg inn på skolen via en tunell som gikk fra Galthodet bak et portrett. Dødseterne Argel og Alekto Misfall var to nye lærere på Galtvort. Alekto oppdaget Harry i Ravnklo tårnet og klarte å påkalle Voldemort rett før hun ble lamslått. På den måten fikk Voldemort vite at Harry var på Galtvort. (selvom han hadde tenkt seg dit for å sjekke om malacruxen hans var trygg) Slaget ved Galtvort utartet seg. Etter å ha sett minnene fra Slur fant Harry ut hvordan alt egentlig hang sammen og overgav seg til Voldemort. Voldemort som fremdeles ikke visste at Harry bar en flik av ham i seg prøvde å drepe ham, men klarte bare å fjerne sjelefliken. Harry overvant Voldemort og avsluttet den andre trollmannskrigen som til da hadde pågått i fire år.