Mysterieavdelningen ligger i trolldomsministeriet och ingen vet egentligen hur stort det är. Här förvaras bl.a profetior, tidvändare, dödssjalen och tiden. Dom som jobbar där kallas "dom onämnbara". Mysteriavdelningen har minst 100 svarta dörrar som alla ser exakt likadana ut. Harry drömmer om mysteriavdelningen i flera månader i Fenixorden och han kommer slutligen dit tillsammans med Ron, Hermione, Luna, Neville och Ginny. Där stöter dom på dödsätare bl.a Lucius Malfoy och Bellatrix Lestrange. Med hjälp av Snape får Fenixorden reda på det och Tonks, Sirius, Remus, Kingsley och Moody kommer till deras undsättning. Senare kommer även Dumbledore och Voldemort till Ministeriet. Alla överlever utom Sirius som blir dödad av sin kusin Bellatrix Lestrange.